本會設置董事會，提供APIPA目標願景、長期策略規劃、政策方針及未來的營運方向的指導。並由捐款的機構(AT&T、工業技術研究院、資訊工業策進會等)、理律法律事務所以及國內關心智慧財產權之企業推派代表擔任董事，共同組成，選舉董事長，對外代表本會。
現任董事長為史欽泰先生(工業技術研究院院士、清華大學科技管理學院榮譽講座教授)
| 姓名 | 現職 | 姓名 | 現職 |
|---|---|---|---|
| 王本耀 | 工業技術研究院產業學院特聘研究 | 王鵬瑜 | 工業技術研究院副總暨法務長 |
| 方淑華 | 台灣積體電路製造（股）公司副總暨法務長 | 李實恭 | 台達電子工業（股）公司技術長 |
| 吳麗娟 | 宏碁電腦（股）公司全球法務長 | 林以專 | 台灣區電機電子工業同業公會秘書長 |
| 徐小波 | 宇智顧問（股）公司董事長 | 梁啟銘 | 中央研究院客座講座 |
| 陳瑞田 | 宇州國際智慧財產事務所所長 | 宿文堂 | 聯發科技（股）公司副總暨法務長 |
| 彭心儀 | 清華大學特聘教授 | 楊仁達 | 資訊工業策進會副執行長 |
| 蔡練生 | 前智慧財產局局長 | 蔣大中 | 理律法律事務所律師、合夥人 |
稟承董事會決議方針，綜理本會之一切業務。
協助執行長規劃本會推動智權相關業務之策略、智權資訊諮詢、服務內容及智權人才培育方向，成員皆為國內智財精英或領袖擔任。
綜理人事、總務、文書等行政業務暨財務、會計及出納業務，並辦理董事會、核心小組及智權論文獎學金之相關業務。
綜理本會專案、非專案以及一般工業服務計畫並權責規劃及推動智慧財產權之相關活動，包括研討會、智權推廣活動、專利分析人才培訓、國際合作以及協助學校、企業培育智權人才等，並提供企業智慧財產權制度之建立與輔導。此外，亦接受政府或企業之委託執行智權相關政策與方向之研究。